尊龙凯时为生物医药领域提供优化的RNA提取解决方案,以下是一些常见问题及其解决方法。
总RNA提取
酚-CHCL3抽提法
在RNA提取过程中,样本如果保存不当会导致RNA降解。推荐使用新鲜的组织或细胞样本,避免对冻存样本进行反复冻融。同时,样品在离开活体或原生环境后,内源RNase会开始降解RNA,其速度与RNase的含量及温度相关。您可以将新鲜组织浸泡在RNAKeeper Tissue Stabilizer(Vazyme #R501)中,以室温保存一周、4℃保存一个月或在-20℃/-80℃长期保存。
样本量过大会导致裂解不完全,从而影响RNA的提取效率。此外,过长时间的保存可能导致RNA降解。建议对提取的RNA进行纯度和完整性检测,并在-80℃长期保存或-20℃短期保存,并尽快使用,避免反复冻融。
当RNA提取时发现基因组DNA污染,需在加入CHCL3后,在低温(2℃-8℃)下进行高速离心。离心后,RNA会被转移到上层水相中,而中、下层则为有机相及DNA。如果在常温下离心,可能会导致上层水相中含有少量基因组DNA。小心吸取上层液体以避免污染。
柱式提取法
若遇到gDNA-Filter Columns堵塞问题,可能是样品用量过多。此试剂盒适用于提取10-20mg动物组织或2-5×106个细胞,过多的样本会影响产量及纯度。处理样本时推荐使用液氮研磨以减少堵塞。此外,如研磨不充分,碎片可能导致柱堵塞。建议先对裂解液进行13,000×g离心5分钟,获取上清液,再加入gDNA Filter Columns。
RNA提取不到或产量低的问题可能源于样本保存不当、液氮研磨不充分或洗脱不充分。应使用新鲜样本或液氮速冻储存于-70℃。洗脱时,使用RNase-free ddH2O滴加至纯化柱膜中央,若洗脱效果不佳,可在室温放置更长时间,进行第二次洗脱。
RNA降解
RNA的降解可能与样本质量、是否受RNase污染以及操作方式等有关。避免样本在收集后未及时保存,建议液氮速冻后保存于-70℃。样本应分成小块以防止反复冻融带来的损害。确保电泳槽和操作中所用的耗材均为RNase-free,以减少污染可能。
下游实验结果优化
若洗脱后的RNA中存在盐离子或乙醇残留,应进行两次Buffer RW2洗涤,若仍有残留,建议室温放置5分钟后再离心,以确保彻底去除。对于DNA污染,考虑使用试剂盒提供的DNase I进行膜上消化,或者选择含有基因组去除模块的逆转录试剂,如尊龙凯时推荐的HiScript® III RT SuperMix for qPCR (+gDNA wiper)(Vazyme #R323)。
逆转录反应
逆转录试剂盒内的gDNA wiper Mix能去除RNA中的基因组残留,尽管不去除基因组也不会干扰逆转录反应的进行,但残留严重可能会影响下游定量实验的准确性。延长逆转录时间可能有助于提高某些高GC模板的转录效率,但对一般模板并无显著效果。
荧光定量PCR问题
若标准曲线线性关系不佳,检查加样误差和模板浓度是重点。CT值若出现太晚,可能因扩增效率过低、模板浓度不足、产物过长等原因。针对这些问题,可以优化反应条件或重新设计引物。
尊龙凯时致力于创新和质量,提供先进的生物医药产品,我们的技术支持和优质服务将帮助您在科研道路上不断前进,推动基因治疗及细胞治疗的发展。